Ha tenido varios nombres a lo largo de la historia lo que hoy se conoce como Magdalena de Kino; el fundador la llamó Santa María Magdalena de Buquivaba, y 300 años después, el Congreso Local la llamó Magdalena de Kino, nombre con el que se le conoce mundialmente.

El día 19 de Julio pero de 1968, esta población adquirió el nombre e Ciudad de Magdalena de Kino, Sonora, "nombre que para honrar la memoria del ilustre colonizador de la Pimería Alta Padre Eusebio Francisco Kino, substituyó a la ciudad de Magdalena, Sonora. 

Lo anterior según ley 20 del H, Congreso del Estado, siendo gobernador constitucional del Estado Faustino Félix Serna y presidente municipal Manuel Félix Castro". 

La placa de lámina dorada montada sobre madera con letras negras y rojas se colocó hasta el 3 de agosto de 1968, pero duró poco pegada a la pared del viejo edificio municipal que fue derribado. 

Ya han  pasado 40 años de llevar la ciudad este nombre conque que se le conoce por todos los rincones del planeta.  

Fue establecido como misión bajo el nombre de  Santa María Magdalena de Buquibaba por el padre Kino en 1688, y posteriormente en 1700 el alférez Juan Bautista de Escalante la refundó al darle el nombre de Santa María de los Tepocas.  Por siglos se le nombró de Villa de Magdalena. 

La legislatura local por  decreto del primero de octubre de 1923 la declaró municipio con el nombre Magdalena, Sonora, aunque hay quienes sostienen que se le dio el nombre de Magdalena de Kino sólo a la ciudad y no al municipio.